Il nome Albona o Alvona è probabilmente di origine illirico-celtica e fa presumere l'esistenza di un insediamento stabile nella zona dell'attuale città vecchia a partire dal IV secolo a.C. Ritrovamenti di reperti risalenti al neolitico e all'età del bronzo potrebbero essere testimonianze di un insediamento precedente.

A partire dal 177 a.C. la città divenne dominio romano parte della provincia dell'Illirico. La più antica testimonianza che documenta l'esistenza della città, un'incisione che cita la RES PUBLICA ALBONESSIUM, risale circa al III secolo. La città godeva di una posizione favorevole in quanto situata lungo la strada che congiungeva Pola alla città di Tarsatica (l'odierna Fiume).

Quando Augusto portò il confine d'Italia all'Arsa, Albona entrò a far parte della provincia della 'Dalmatia'.

Dopo la caduta dell'Impero romano d'Occidente Albona subì il medesimo destino dell'area circostante subendo diverse ondate di invasori, in pochi secoli si susseguirono Ostrogoti, Bizantini, Longobardi, nuovamente i bizantini e infine i Franchi. Dal 920 fino al 1207 Albona fece parte dell'Impero tedesco.

Dal 1207 al 1420 fu sotto il dominio del patriarca di Aquileia e il 3 luglio 1420 entrò a far parte della Repubblica di Venezia. Nei quasi 400 anni di dominio veneziano la città visse un'espansione economica, a quest'epoca risalgono gran parte dei monumenti cittadini.

Nel 1797, col Trattato di Campoformio passò sotto sovranità asburgica e in seguito sotto i francesi che la inclusero nel Regno d'Italia fino a quando, nel 1809, per ragioni militari venne assegnata al governo, dipendente direttamente da Parigi, delle Province Illiriche. Nel 1813 venne assegnata, insieme all'intera Istria, all'Austria, nel XIX secolo ebbe una nuova fase di prosperità economica dovuta allo sfruttamento delle miniere di carbone situate nei dintorni.

Nel 1848, subito dopo l'esplosione veneziana, la popolazione si sollevò e pare probabilmente essere stata Albona la prima fra le città dell'Istria dove comparvero le coccarde tricolori. L'attività patriottica locale era gestita dal giovane Tomaso Luciani e dal suo maestro, il podestà Antonio Scampicchio i quali erano in forte attesa di uno sbarco dei veneziani insorti. Per contrapporsi a ciò, sia prima di ristabilire l'ordine che a partire dalla seconda restaurazione, il Governo Centrale di Vienna cercò di suscitare odio tra la popolazione croato-morlacca, stanziata in qualche sobborgo cittadino e nel circondario, verso la popolazione italiana (la cui parte più colta abbracciava i sentimenti del Risorgimento) che popolava tutta la città e prevaleva in qualche altro centro del comune.

Altro momento d'attesa per gli albonesi, al pari di tutti gli istriani, fu, dopo il decennio del raccoglimento e della preparazione condotta con la grande abilità politica di Cavour, la Seconda Guerra d'Indipendenza che, per i ben noti timori dell'Imperatore dei Francesi dopo Solferino e San Martino, non proseguì, una volta sgomberata la Lombardia, anche per la liberazione degli Italiani delle Venezie. La speranza comunque di una sempre meno lontana redenzione convinse i patrioti istriani ad inviare nel Piemonte, dopo i plebisciti nell'Italia centrale e la Impresa garibaldina, per rappresentare l'Istria assieme agli altri emigrati veneti, proprio il Luciani il quale, in particolare durante i sofferti mesi del 1866, sostenne con ardore la causa della sua terra.

Dopo la Terza Guerra d'Indipendenza l'Austria cercò di favorire al massimo il processo di "slavizzazione". Tale processo venne attuato in particolare tramite l'opera di sacerdoti slavi i quali, spesso e volentieri chiamati dalle regioni d'oltrealpe, riportavano nella grafia slava, tenendo essi i registri anagrafici, i cognomi ed i nomi non solo di quelle famiglie slave e morlacche (per buona parte eredi dei coloni arrivati nei secoli precedenti) riportati secondo la grafia locale, cioè quella veneto-latina, ma soprattutto anche di diverse famiglie italiane.

Nel 1899, nel corso di una seduta alla Dieta Istriana, di tutto ciò se ne lamentò il deputato albonese Pietro Ghersa il quale, dopo accurate ricerche, denunciò, attraverso una vasta documentazione, l'opera del governo che aveva fatto connivenza per la slavizzazione di circa 20.000 cognomi italiani nell'intera provincia istriana.

Capitava infatti che, in conseguenza di tali azioni, le autorità ufficiali, non di rado ritoccavano le rilevazioni censitarie locali in base alle denominazioni sia di quei gruppi famigliari d'antica origine slava ma oramai assimilati, alcuni completamente altri in parte, all'etnia italiana, sia, oltretutto, di quelle famiglie italiane che avevano visto mutato d'ufficio il loro cognome.